介绍
MPIRF 由 Python 3.8 开发。 它可以集成不同的MPI重建算法,实现从磁性纳米粒子的电压信号到图像信号的重建功能。
当前版本提供了两个主要的函数文件: MPIRFmain.py
和 MPIRFUImain.py。
在 Windows 系统中,它还包括一个带 GPU 的版本。 版本测试使用以下硬件进行:
GPU NVIDIA GeForce GTX 1070 8G
该项目已被Open-soure Magnetic Particle Imaging社区展示: https://os-mpi.github.io/RecoFramework/
框架
具体见论文:
安装
需要安装以下依赖库:
pip install numpy
pip install scipy
pip install h5py
pip install matplotlib
pip install numba
pip install scikit-image
pip install opencv-python
要运行 MPIRFUImain.py
,您还需要安装:
pip install pyqt5
运行示例
仿真过程数据被写入到体膜路径下的h5文件中。
python MPIRFmain.py
,用于2D MPI的批量仿真,仿真参数设置如图:
python MPIRFUImain.py
,运行结果如图:
测试参数
:
粒子参数:
Particle Temperature | 20 |
Particle Diameter | 25 |
Particle Saturation Magnetization | 0.6 |
Particle Concentration | 50 |
扫描器参数(Lissajous):
Selection Field Gradient(x,y) | 2, 2 |
Drive Field Frequency(x,y) | 24.51, 26.042 |
Drive Field Amplitude(x,y) | 12, 12 |
Repeat Time | 652.8 |
Sample Frequency | 2.5 |
Repeat Time:
扫描器参数(Cartesian):
Selection Field Gradient(x,y) | 2, 2 |
Drive Field Frequency(x,y) | 25,1 |
Drive Field Amplitude(x,y) | 12, 12 |
Repeat Time | 1000 |
Sample Frequency | 2.5 |
Repeat Time:
注意
使用该平台发表的论文,请引用
Shen, Y, Hu, C, Zhang, P, Tian, J, Hui, H. A novel software framework for magnetic particle imaging reconstruction. Int J Imaging Syst Technol. 2022; 1- 14. doi:10.1002/ima.22707