中国科学院分子影像重点实验室在医疗影像大数据的关键技术上有长期的积累，并逐步搭建了集成化医学影像平台(http://mitk.net.cn/ )。目前该平台包含了一套核心算法（MITK）和四套顶层软件（3DMed、 MPI&CT Client、 Radiomics、 MOSE），已被来自70个国家和地区的科研人员下载，相关软件的总下载次数已达14万余次。集成化医学影像平台的MITK/3dMed也被生物医学工程领域主流期刊上的第三方评论文章(Medical andBiological Engineering and Computing 2008, 46(12):1209-17.) 经由9大类64个指标评为医学图像处理软件全球前十（亚洲唯一入选）。
医学影像处理与分析算法库（MITK, Medical Imaging ToolKit）是实验室在国家自然科学基金和国家973项目资助下自主研发的接口规范易懂、算法框架高效、数据结构严谨的C++类库；其提供了一个整合医学图像重建、分割、配准、可视化等各类医学影像处理与分析算法的可扩展框架。
三维医学图像处理及分析系统（3DMed）为MITK提供人机交互界面。在设计上，3DMed一组定义接口的核心模块和众多松散耦合在一起的插件组成，因此也可为用户自定义算法提供交互。随着3DMed软件架构逐渐完善和它的插件也逐渐丰富，其功能涵盖了数据采集、数据格式转换、面绘制、体绘制、图像分割、图像配准、三维图像处理、三维虚拟切割和三维测量等。
“灵影”CT&MPI客户端（MPI&CT Client）是基于MITK算法库开发的处理多模态数据的软件，为模式动物表型与遗传研究国家重大科技基础设施重大科研仪器研制项目 “灵长类动物MPI-CT融合成像系统”提供服务。它基本功能：灵活对接设备采集后端协议、支持标准的DICOM3.0协议、多体数据3维融合显示、多体数据2d三视图可视化、多体融合交互调整、感兴趣区域交互标定、统计数据表格导出、GIF动画导出等。了解更多请访问http://www.mpilab.net/。
影像组学人工智能辅助诊断软件（Radiomics）是一款肿瘤分析预测软件，针对肿瘤的影像和临床信息，通过机器学习等人工智能技术对影像进行病灶分割及特征提取，同时对肿瘤进智能识别及精准预测。目前其功能涵盖了非小细胞肺癌分析预测、胃癌隐匿性腹膜转移诊断、肝癌微血管侵犯分析和乳腺癌pCR分析等。其中胃癌隐匿性腹膜转移诊断平台大幅度提高了影像的诊断准确度，特别是对临床漏诊的腹膜转移患者的检出率达到85%以上，已经在北京大学肿瘤医院进行试用。
光学分子影像成像仿真软件(MOSE)是基于MITK算法库实现的蒙特卡洛算法开发的仿真在体生物自发光光子传播的平台，可以仿真小动物体表面的生物自发光信号。
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